ولدت عفت ناجي في الإسكندرية، لعائلة أرستقراطية تحب الفنون. شقيقها هو الفنان الكبير محمد ناجي والذي كان يكبرها بعشرين سنة. تلقت ناجي تعليمها في المنزل وسافرت خلال طفولتها إلى أوروبا عدة مرات مع والدها. عندما أدرك محمد ناجي أن أخته تمتلك مواهب فنية، بدأ بتوفير أدوات الرسم لها للتعبير عن نفسها، واصطحبها معه، في عدة مناسبات، في رحلات إلى صعيد مصر حيث ترقد كنوز الفراعنة. عاشت عفت مع أخيها محمد ناجي في روما في الفترة من 1947 إلى 1950 عندما كان مدير الأكاديمية المصرية في روما، حيث درست الفريسكو والجداريات.
بدأت حياة عفت المهنية كرسامة في روما، وعرضت أعمالها الفنية في الإسكندرية، والتي تناولت بشكل أساسي المدرسة الفافية (fauvism) مثل مشاهد من قرية أبو حمص، حيث كانت تمتلك أسرتها مزارع، ورسمت الحياة اليومية للفلاحين، وعملهم في الحقول وأعيادهم واحتفالاتهم.
من أوائل الستينات غيّرت عفت أسلوبها الفني تمامًا، حيث أنها بين عامي 1954 و 1964 أمضت الكثير من الوقت في استكشاف كتب التراث القديمة في مكتبة القاهرة الكبرى، وأكثر ما لفت انتباهها هو مجموعة كتب لطبيب فرنسي في الإسكندرية عن الطقوس السحرية، بالإضافة إلى الرسوم الفلكية، وكتب عن العالم الطبيعي، والجغرافيا، والملابس القديمة، وآثار الحرب والأشكال الطينية من العصر اليوناني الروماني، والقبطي، والفترات الإسلامية.
في عام 1937، حصلت عفت على منحة دراسية كاملة من وزارة الثقافة، والذي أعتبر إنجازًا كبيرًا في ذلك الوقت لا سيما بالنسبة للمرأة. ومنذ ذلك الحين، تابعت دراسة الإرث العميق للحضارات المصرية المختلفة، وحققت الإنجاز النادر المتمثل في إنشاء أعمال فنية تبنّاها بسهولة الجمهور الدولي الذي أدرك الحيوية المتأصلة في مجموعاتها الفنية من المصنوعات اليدوية والألوان والمواد المختلفة، والتي تعكس تفانيها المستمر لمهنتها طوال حياتها وإيمانها بغموض وقوة تراثها. استطاعت عفت أن تنقل هذا الغموض في عملها، مما منح أعمالها الفنية جودة لا حد لها وجمال غامض لا يقاوم.
